Решением исполнительного комитета Архангельского областного Совета народных депутатов от 26 октября 1988 года № 121/1 было создано бюро государственной вневедомственной экспертизы при главном управлении архитектуры и градостроительства Архангельского облисполкома.
Распоряжением администрации Архангельской области от 09 декабря 1991 года № 205р бюро государственной вневедомственной экспертизы при Архангельском облисполкоме переименовано в территориальное управление государственной вневедомственной экспертизы по Архангельской области.
Распоряжением главы администрации Архангельской области от 10 апреля 2006 года № 276р территориальное управление государственной экспертизы по Архангельской области переименовано в областное государственное учреждение «Управление государственной экспертизы по Архангельской области».
Распоряжением администрации Архангельской области от 19 августа 2008 года № 152-ра/26 создано областное автономное государственное учреждение Архангельской области «Управление государственной экспертизы по Архангельской области» путем изменения типа существующего областного государственного учреждения «Управление государственной экспертизы по Архангельской области».
Распоряжением управления архитектуры и градостроительства Архангельской области от 12 сентября 2008 года № 7 утвержден Устав областного автономного государственного учреждения Архангельской области «Управление государственной экспертизы по Архангельской области»
21 октября 2008 года произведена государственная регистрация Устава в УФМС России по Архангельской области и Ненецкому автономному округу.
Распоряжением Правительства Архангельской области от 09 февраля 2010 года № 44-рп областное автономное государственное учреждение Архангельской области «Управление государственной экспертизы по Архангельской области» переименовано в государственное автономное учреждение Архангельской области «Управление государственной экспертизы».
Распоряжением агентства архитектуры и градостроительства Архангельской области от 30 марта 2010 года № 4 утверждены изменения в Устав Учреждения в связи с его переименованием, 7 апреля 2010 года произведена государственная регистрация Устава в УФМС России по Архангельской области и Ненецкому автономному округу.